Todo proyecto de obra pública debe ir acompañado de un estudio de impacto ambiental, pero cuando esta obra es especialmente importante o se realiza en un medio particularmente sensible, es aconsejable realizar una Declaración de Impacto Ambiental (DIA). La DIA es como un proyecto paralelo que controla el proyecto ejecutivo de la obra, pone los mecanismos de control necesarios y obliga a que se cumplan las correcciones y prescripciones ambientales necesarias.
Dado que una línea de metro en El Prat supone construir túneles en un terreno tan delicado como el deltaico, la existencia de una DIA garantizará que los acuíferos no salgan dañados, ni que la obra en sí pueda sufrir desperfectos o fallos en un futuro. Por tanto, la DIA interesa tanto al medio ambiente como a las empresas y administraciones constructoras y gestoras del metro. La DIA, además, supone la creación de una comisión de seguimiento y control de las obras, en la que estarán representadas todas las administraciones implicadas (Generalitat, Ayuntamiento y Autoritat del Transport Metropolità -ATM-).
Las alegaciones presentadas al proyecto por el Ayuntamiento de El Prat inciden en ciertos aspectos del proceso de construcción de los túneles y las estaciones, a fin de evitar posibles molestias de ruido y vibraciones, futuros movimientos o desplazamientos del terreno una vez la línea esté en servicio, filtraciones de agua y diversas afectaciones a los acuíferos (como, por ejemplo, una posible contaminación del agua subterránea con productos químicos utilizados para revestir túneles y estaciones).  En este sentido, y teniendo en cuenta la gran importancia del acuífero profundo, Aigües del Prat S.A. ha realizado un estudio detallado de los elementos necesarios de seguimiento y control de las obras, que se ha adjuntado a las alegaciones.